Typisch für Süddeutschland und Franken war die Wimpeltradition. Jüdische Familien nähten aus den gereinigten Windeln, die der Sohn bei seiner Beschneidung trug eine lange Stoffbahn, die mit Stickereien reich verziert wurde. Anschließend wurde er der Jüdischen Gemeinde geschenkt. Der Wimpel wurde um die Tora gebunden und symbolisierte damit den Bund mit Gott, den der Junge mit der Beschneidungszeremonie eingegangen war. Der Sammlungsbestand an Wimpeln im Jüdischen Museum Franken wird derzeit inventarisiert und erforscht. Die Ergebnisse werden in einen Katalog münden.
Das Jüdische Museum Franken errichtet 2012/13 ein neues Museum in Schwabach. Um 2000 wurde dort eine historische Laubhütte entdeckt, die symbolreiche Wandmalerei aufweist. Sie wurde Ende des 18. Jahrhunderts von Moses Löw Koppel eingerichtet. Das Museum wird in den Räumen seines Wohnhauses errichtet und wird ergänzt durch einen Hör-Rundgang durch die jüdischen Stätten Schwabachs.
Neben der geplanten Eröffnung erscheint auch eine Publikation mit einer umfangreichen Aufsatzsammlung sowie die Erstellung eines museumspädagogischen Programms für Kinder, Schüler und Lehrer.
Im Zuge des Themenjahrs über Mikwen und rituelle Reinheit im Jüdischen Museum Franken 2010 und 2011 forscht das Jüdische Museum Franken zu Ritualbädern in Franken. In Franken, eine der mit jüdischen Gemeinden am dichtesten besiedelten Region Süddeutschlands, existierten eine große Anzahl jüdischer Ritualbäder, die zum Teil heute noch begehbar sind.
Ziel des Forschungsprojekts ist die Erstellung einer Datenbank und einer Publikation.
Am Beispiel der Fürther Familie Ortenau kann exemplarisch der gesellschaftliche und wirtschaftliche Aufstieg jüdischer Familien im 19. Jahrhundert dargestellt werden. Das Jüdische Museum Franken erhielt einen umfangreichen Familiennachlass der Ortenaus als Schenkung bestehend aus Selbstzeugnissen, Fotografien und persönlichen Gegenständen, die eine eingehende Studie zum Aufstieg der Ortenaus ermöglichen.